Simplemente en el persistence.xml debes configurar el parámetro hibernate.hbm2ddl.import_files con los archivos sql que vas a correr separados por comas, como por ejemplo /1.sql, /2.sql, /etc.sql
com.ejemplo.model.Clase1 com.ejemplo.model.Clase2 com.ejemplo.model.Clase3 com.ejemplo.model.Clase4
Y listo, cuando Hibernate arranque va a crear las tablas y luego va a correr estos scripts. Si queres que logee tenes que agregar a la configuración de log4j los siguiente:
log4j.logger.org.hibernate.tool.hbm2ddl=DEBUG
Espero que les sirva.