Para consultar ontologías RDF utiliza SPARQL que es un acrónimo recursivo del inglés SPARQL Protocol and RDF Query Language. SPARQL se trata de un lenguaje estandarizado para la consulta de grafos RDF, normalizado por el RDF Data Access Working Group (DAWG) del World Wide Web Consortium (W3C). Es una tecnología clave en el desarrollo de la web semántica.
Si instalamos Apache Jena cuenta con varias herramientas una interesante es Fuseki el cual es un servidor de SPARQL y vamos a tener una aplicación web que permite hacer consultas SPARQL en una ontología RDF que debemos importar como modelo.
Dejo link: https://jena.apache.org/
