Es fácil...
Con Maven, lo más grande que hay!!
Lo que tenemos que hacer es configurar un plugin como este:
<plugin>
<artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
<configuration>
<archive>
<manifest>
<addClasspath>true</addClasspath>
<classpathPrefix>lib</classpathPrefix>
<mainClass>com.paquete.elNombreDeMiApp</mainClass>
</manifest>
</archive>
<descriptorRefs>
<descriptorRef>jar-with-dependencies</descriptorRef>
</descriptorRefs>
</configuration>
<executions>
<execution>
<id>make-assembly</id> <!-- this is used for inheritance merges -->
<phase>package</phase> <!-- append to the packaging phase. -->
<goals>
<goal>single</goal> <!-- goals == mojos -->
</goals>
</execution>
</executions>
</plugin>
Y listo!!