Es fácil...
Con Maven, lo más grande que hay!!
Lo que tenemos que hacer es configurar un plugin como este:
      <plugin>
        <artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
        <configuration>
          <archive>
            <manifest>
              <addClasspath>true</addClasspath>
              <classpathPrefix>lib</classpathPrefix>
              <mainClass>com.paquete.elNombreDeMiApp</mainClass>
            </manifest>
          </archive>
          <descriptorRefs>
            <descriptorRef>jar-with-dependencies</descriptorRef>
          </descriptorRefs>
        </configuration>
        <executions>
          <execution>
            <id>make-assembly</id> <!-- this is used for inheritance merges -->
            <phase>package</phase> <!-- append to the packaging phase. -->
            <goals>
              <goal>single</goal> <!-- goals == mojos -->
            </goals>
          </execution>
        </executions>
      </plugin>
Y listo!! 
