Para ejecutar estos proyectos crea un archivo nbactions.xml donde podemos indicar a netbaans como ejecutar nuestro proyecto, miren este ejemplo:
  <action>
    <actionName>run</actionName>
    <goals>
      <goal>package</goal>
      <goal>org.codehaus.mojo:exec-maven-plugin:1.1.1:exec</goal>
    </goals>
    <properties>
      <exec.workingdir>${project.build.directory}</exec.workingdir>
      <exec.args>-jar ${project.build.finalName}-jar-with-dependencies.jar</exec.args>
      <exec.executable>java</exec.executable>
    </properties>
  </action>
  <action>
Aca le indico a netbeans que ejecute la tarea  exec de maven de un proyecto jar que es nombreDelProyecto-jar-with-dependencies.jar 
Creo que es muy flexible. Maven con netbeans es una avión!!!
