No les das bola y listo! jeje
Muchas veces no queremos subir ciertos archivos por ejemplo el .classpath si usamos maven, o alguno otro no se. Para ignorar archivos con git es más facil que con svn por lo menos a mi modo de ver las cosas. Solo debemos crear el archivo .gitignore el cual va a contener los archivos que queremos ignorar por ejemplo:
target
.project
.classpath
.settings
.factorypath
Y todos las carpetas hijas van a tener la misma lista de archivos a ignorar. Se pueden escribir cosas muy complejas como expresiones regulares, etc.
Dejo link:
